• 黨政辦公室
• 紀委（監察專員辦公室）
• 工會
• 黨委宣傳部（新聞中心）
• 黨委組織部
• 學生工作部（學生處）、武裝部
• 黨委統戰部
• 團委
• 教務處（高教研究所）
• 醫院發展管理處
• 科技處
• 研究生處/研究生工作部
• 發展規劃處
• 人事處
• 教師發展與教學評價中心
• 財務處
• 資產設備處
• 招投標辦公室
• 審計處
• 招生與就業工作處
• 國際合作與交流辦公室
• 后勤保障處
• 基建處
• 保衛處
• 含光校區管理處
• 離退休工作處
• 高新校區管理處

• 臨床醫學院
• 全科醫學院
• 藥學院
• 護理學院
• 醫學技術學院
• 口腔醫學院
• 公共衛生學院
• 外國語學院
• 基礎醫學部
• 衛生管理學院
• 馬克思主義學院
• 體育部
• 繼續教育學院

• 圖書館
• 信息技術處
• 未央區未央湖醫學院社區衛生服務中心（校醫院）

• 陜西省人民醫院
• 西安醫學院第一附屬醫院
• 西安醫學院第二附屬醫院
• 西安醫學院第三附屬醫院（原陜西省友誼醫院）
• 西安醫學院附屬寶雞醫院
• 西安醫學院附屬漢江醫院

• 基礎與轉化醫學研究所
• 基礎醫學研究所
• 藥物研究所